当时徐特立住地在延安城北的杨家岭，而自然科学院则在延安城南，相距１５华里。由于他还担任中宣部副部长，经常要到中央和边区各机关开会。学校为他配备了一匹温顺的战马，可他很少骑乘，总是步行。后来，他索性将马送学院总务科拉磨去了。１９４１年夏，延河上的石桥被水冲断了，冬季水埋河畔，到处是白花花的冰凌。一个星期天的下午，学生马兴惠从中央医院返校时巧遇院长，便结伴而行。到河畔后徐特立正准备脱鞋袜，马兴惠说了声：“徐老我背你。”便不容分说抱起老院长向河里走去。徐特立挣扎着大喊不需这样，直到上岸了他还严厉批评小马说：“我能过河，不要硬抱嘛！”挨了批评的小马一路上沉默无话。这种无声的行走倒使徐院长自责起。他笑着对小马说：“河水这么凉，要你抱着我过河，谢谢了！”

    延安自然科学院亟需各理工科老师，尤其是缺乏教高等数学的教师。徐特立为此跑了不少路程，最后终于打问到联防司令部部队有一位名叫孙鸿儒的同志学识很高，阐长数学，他便亲自找到肖劲光了解情况，硬是把他请到学院。可是，对从抗大分配来的贺敬之同学，他则相反，做了许多工作让小贺走出了自然科学院。原来，贺敬之是来自四川的流亡学生，他理化基础知识很差，但是，贺敬之在学校文艺组活动中却显露出非凡的天赋，他的一首《小兰姑娘》受到萧三、吴伯萧的指导并发表于《中国文艺》刊物。徐特立知道了这个情况后，与李群林等同志交换个人意见，他们一致认为：虽然科学院学生奇缺，但贺敬之更适合搞文化艺术事业，不能强求他从事科技研究而断送其前程，一切都要从革命事业的大局出发。他便直接与当时延安著名的鲁迅艺术学院联系，向周扬竭力推荐了贺敬之。一个月后贺敬之便转到鲁艺文学院文学系学习了。他很快便与丁毅共同执笔，在延安集体创作出了现代歌剧《白毛女》，此后他的佳作更是如泉涌之水，接连不断。实践证明徐老的舍痛割爱、外校荐贤，的确是栽培了中国革命文学事业的一棵参天大树。

    徐特立到任的前两年，是国民党对边区实行残酷经济封锁的岁月，学院起初是砖头木头垒桌凳，锅烟糊墙染黑板，吃的是黑豆再加山药蛋，困难重重。徐特立召集全校师生开会，他对大伙说：“我们共产党人是唯物主义者，要革命，不吃饭当然不行。但我们有远大的革命理想，不是物质的奴隶，而是物质财富的创造者，物质的主人。我们梦寐以求的是把帝国主义侵略者赶出中国去，早日求得民族的解放。因此，即使物质条件极端困难，我们也不会散伙屈服，也决不会消极等待，要依靠自己的双手去创造，靠自力更生，勤俭节约的精神去克服千难万险，把我们的学校办好！”

    作为一院之长，徐特立身体力行，勇跃参加开荒种地、加工器材各项劳动，不顾年迈坐在纺车前纺毛线，整个学院纺毛线的任务完成的最好。学院师生日渐增多，住宿随之紧张起来，按规定徐特立院长自然应是独住一孔窑洞，可他硬是拉着青年教师张凌光、沈哲民三个住一个窑，睡一个炕铺，共用一盏油灯办公。还与张凌光经常讨论编改教材、改进教学的问题，共同研究微积分等高等数学难题，给沈哲民辅导哲学、历史知识，一直到夜深人静，真可谓是“惟当同心人，可与论金铁”！

    １９４２年秋冬，延安暴雨成灾，南关低洼处的大戏台和许多小瓦房被水冲垮，道路陷塌，平时给各机关运粮的骡马车此时被洪水所阻，全校断了粮食。他们只好动员附近的老乡从地里掰青苞谷棒子送到学院，以此既使老百姓预交当年公粮，又解决了师生们的吃饭问题。玉米棒子煮熟后，徐特立和大家一同啃咬起来，但他人老牙少，啃起来很费劲。他一边嚼着玉米豆，一边还说：“自力更生，艰苦奋斗的优良作风，就是战胜一切艰难困苦的法宝。有了它，大家前进的道路才会不断拓宽，这一点，大家永远不能丢掉。”其实，学校还为院领导四处筹集到了一点粮食，他却让侄女徐乾把分配给自个的馒头送给有病的学生了。

    徐特立６６岁生日之际，学生们用陕北红枣串起来一个鲜艳夺目的大“寿”字，挂在科学馆的墙壁上，并准备了一些当地产的花生、红枣和煮土豆等茶点，相拥着他们的老院长，一个个地朗诵起来了自个早已准备好的祝词。当有的同学称赞他是“ 革命第一、工作第一、他人第一” 时，他立即插话说“这是一个共产党员应该做的”；他借机为大家深入浅出地讲了许多社会科学与自然科学相互作用的道理，鼓励同学们树立坚定正确的政治方向，多学知识，成为专家，担当新中国建设者的重任，把庆贺生日的活动变为一堂生动的政治课。

    徐特立院长经常教导他的学生要树立正确的人生观和世界观。他说：“世界观不仅解决科学体系问题，统帅知识问题，更重要的是解决方向、路线问题，解决为什么人服务的问题。‘俭可助廉，廉可守操’，艰苦奋斗、奋发图强就可以使我们得到世界观的转变的巨大收获，树立起正确的人生座标和前进方向。”

    在老院长的带动下，来自全国各地的知识青年投入到校办实习工厂的研发产品中去，投入到推广农业生产技术的劳动中去，用自己勤劳的双手换回了可观的资金、物资，终于渡过了一道道难关。

   １９４３年，边区政府第７２次会议决定，将延安自然科学院与延安大学合并，校址迁往桥儿沟。此后，新任院长有陈康白、李强等。一直到１９４４年５月１４日，延大才正式举行了开学典礼。徐特立要回中宣部去了，要与和他朝夕相处的师生们分手了。临别之时，他给同学们谆谆告诫了“五字赠言”：“学（不断学习）、问（不懂就问）、思（凡事多思考）、辨（辨别是非）、行（身体力行）”！